La CECM a été créée en 1995 et agréée par l'ordonnance ministérielle n° 550/313/1995 du 4 septembre 1995 

En 1999 la CECM a fusionné ses activités avec celles de l' APEF (Association pour la Promotion Economique de la Femme) qui lui a donné naissance pour faire face aux problèmes de développement en général et ceux des femmes en  particulier. 

Elle a été agréée comme Caisse Coopérative d'Epargne et de Crédit Mutuel par la Banque de la République du Burundi (BRB) par la lettre n° 615 du 29 décembre 2006 conformément au décret loi n° 100/203 du 22 juillet 2006 portant règlement des activités de microfinance au Burundi. 

Avec la nouvelle réglementation, les institutions de microfinance à principes mutualistes, appartiennent à la 3ème catégorie.  

La CECM a été agréée comme telle par la lettre n° D1/1092/2019 du 11 juin 2019 de la Banque centrale.